至2006年底，太仓港已建成6个集装箱泊位，泊位总长1490米，其中4个泊位已投入使用，设计吞吐能力145万标箱；拥有集装箱桥吊（11台）、场地龙门吊(31台)等各种装卸设备120多台（套）；建成集装箱堆场70多万平方米，其中保税堆场5万平方米；建成保税仓库7.5万平方米、出口监管仓库2.5万平方米；港口拖轮、锚地等基础性配套设施齐全。

至2007年8月，6个集装箱泊位将全部投入使用，届时设计吞吐能力将达到235万标箱。从2007年开始，将陆续开工建设集装箱三、四期工程，至2010年，将累计建成集装箱泊位16个，设计吞吐能力超过700万标箱。